شكلت الأمانة العامة لمسابقة القرآن الكريم المحلية والدولية فريق عمل متكامل يباشر أعماله وفق خطة منظمة، وأهداف مرسومة، ورؤية واضحة، ويأتي توزيع العمل في مسابقة الملك عبدالعزيز الدولية لحفظ القرآن الكريم وتلاوته وتفسيره التاسعة والثلاثين على وحدات تسير بروح الفريق الواحد، وتساند بعضها في أداء رسالتها وتحقيق أهدافها.

وتقوم وحدة الشؤون الإعلامية بالتواصل مع وسائل الإعلام المختلفة وتزويدها بالتقارير الفورية للبرامج والفعاليات اليومية مدعمة بالصور والحوارات، وبث الوقائع من خلال تطبيقات التواصل الاجتماعي، واستخراج التصاريح اللازمة للإعلاميين، في حين تتولى وحدة الاستقبال مهمة استقبال المشاركين والضيوف من نقطة وصولهم في المطار، وتوفير وسائل النقل، اللائقة بهم، وترتيب الحجوزات، وتنظيم رحلات المغادرة، أما وحدة الإسكان فهي المعنية بخدمات الضيافة، والسكن والوجبات، وتقديم كل ما يحتاجه المشاركون.

كما تشرف وحدة الدورة التدريبية على دورة مهارات تحكيم المسابقات القرآنية، ودورة التنمية العلمية لعلوم القرآن الكريم، وتنظيم القاعة والاختبارات، وخدمة المدربين والمتدربين، أما وحدة شؤون التحكيم فهي المسؤولة عن توزيع المتسابقين في التصفيات النهائية، وفرز الفروع والقراءات، وإشعار المتسابقين بمواعيد جلسات الاستماع، وإعداد الأسئلة، ورصد الدرجات وتدقيقها، وتسعى وحدة شؤون المتسابقين بالتواصل معهم وتلبية احتياجاتهم.
وتضمُّ الوحدات فرق عمل مساندة، كفريق شؤون الضيوف والمحكمين والمدربين وفريق توزيع الهدايا، وفريق الإشراف على قاعة الاستماع وتنظيم المتسابقين في الحفل الختامي، وفريق البرنامج الثقافي والزيارات، ومجموعة العمل في تطبيقات وسائل التواصل الاجتماعي، والقائمين على توزيع إصدارات الأمانة العامة للمسابقة.

وتتولى أمانة المسابقة مهمة الشؤون الإدارية، فيما يقوم مكتب الأمين العام بالإشراف على عمل الوحدات والتنسيق بينها، ومتابعة تنفيذ المهام الموكلة لكل وحدة.