نصت قواعد عمل اللجان الزكوية والضريبية والجمركية، على أن تكون قرارات دوائر الفصل النهائية وقرارات دوائر الاستئناف الواردة في القواعد نهائية وغير قابلة للاعتراض عليها أمام أي جهة قضائية أخرى.

ونصت أبرز القواعد على أن يكون رفع الدعوى وتقديم المذكرات وكل إجراءات التقاضي حضورياً أو عن بُعد من خلال الوسائل الإلكترونية ووفق المتطلبات التي تحددها الأمانة العامة.

ويجوز أن تنظر الدعوى في أي دائرة مختصة نوعياً بنظرها دون أن تتقيد بالاختصاص المكاني لها، ويستثنى من ذلك دعاوى جرائم التهريب الجمركي وما في حكمه، والشروع في أي منها، بحيث ينعقد الاختصاص المكاني للدوائر الداخل ضمن اختصاصها المكاني مكان ارتكاب الجريمة.

ويجوز لمن صدر في شأنه قرار من الهيئة التظلم منه لديها خلال (ستين) يوماً من اليوم التالي لتاريخ إبلاغه به، وعلى الهيئة أن تبت في التظلم خلال (تسعين) يوماً من تاريخ تقديمه، وللمتظلم خلال (ثلاثين) يوماً من اليوم التالي لتاريخ إبلاغه برفض التظلم أو قبوله جزئياً أو مُضي التسعين يوماً دون البت فيه، بجانب طلب إحالة التظلم إلى اللجنة الداخلية لغرض التسوية. فإذا رفض المكلَّف قرار اللجنة الداخلية بشأن التسوية أو مضت المدة المحددة في قواعد التسوية دون الوصول إلى تسوية، جاز له الاعتراض على قرار الهيئة أمام دوائر الفصل خلال (ثلاثين) يوماً من تاريخ إبلاغه بقرار اللجنة الداخلية أو من مضي المدة المحددة في قواعد التسوية دون الوصول إلى تسوية. ولا يشمل الاعتراض ما قد يكون توصل في شأنه إلى تسوية مع اللجنة الداخلية.

وأكدت القواعد على أن للجنة الداخلية التفاوض مع المكلَّف من أجل تسوية اعتراضه على قرار الهيئة في أي مرحلة من مراحل نظر الدعوى، ويترتب على بدء التفاوض مع المكلَّف وقف السير في الدعوى، ويُعد قرار اللجنة الداخلية الصادر بالتسوية نهائياً ومنهياً للدعوى، إذا وافق عليه المكلَّف كتابةً خلال المدة المحددة في قواعد التسوية. ويجب على الهيئة تبليغ الأمانة العامة بذلك مع تزويدها بنسخة من القرار لشطب الدعوى، وإذا رفض المكلَّف قرار اللجنة الداخلية أو انقضت المدة المحددة في قواعد التسوية، فيستكمل نظر الدعوى وفقاً للإجراءات المنصوص عليها في القواعد.

ويجوز عقد التسوية الصلحية في قضايا التهريب الجمركي، وفقاً للأحكام الواردة في نظام الجمارك الموحد ولائحته التنفيذية، بناءً على طلب كتابي من صاحب الشأن، سواءً قبل رفع الدعوى أو خلال النظر فيها وقبل صدور الحكم الابتدائي، وتسقط الدعوى بعد انتهاء إجراءات المصالحة عليها، ويحق لصاحب الشأن عدم قبول التسوية الصلحية.

كما نصت قواعد عمل اللجان الزكوية والضريبية والجمركية، على أن تكون قرارات دوائر الفصل النهائية وقرارات دوائر الاستئناف الواردة في القواعد نهائية وغير قابلة للاعتراض عليها أمام أي جهة قضائية أخرى.